女性在患有非淋菌性尿道炎后，主要会引起排尿疼痛、尿频、尿道分泌物增多等症状。并且白带也会受到一定的影响，会出现白带增多、带血、异味等症状。
在性生活后还会出现出血的情况。宫颈部位也会受到影响，主要表现为充血与水肿。如果非淋菌性尿道炎不及时进行治疗还会引起输卵管炎、子宫内膜炎等并发症，在严重时可导致女性不孕。
如果是围生期的女性出现了非淋菌性尿道炎，还有可能将致病菌传染给新生儿，使新生儿出现衣原体肺炎或者是衣原体性结膜炎等。