鼻腔囊肿可采用鼻内窥镜治疗，这种方法创伤很小，而且恢复的效果好，治疗期间没有其他痛苦感，治疗方法直接作用在病灶组织，和传统手术相比较，更安全、创伤更小。
但是治疗期间要保证鼻腔清洁，避免手术发生感染。传统手术治疗也能缓解鼻腔囊肿，常用的手术方法包括鼻内径路、鼻外径路、上颌窦根治术等，这些方法虽然能起到缓解作用，但是手术后创伤大、恢复慢，选择治疗方法要谨慎。
中药也能治疗鼻腔囊肿，采用八珍汤加减的方式，可以起到补气血、软坚散结效果。