上颌骨囊肿的发病原因，通常分为三大类：
1.各种先天发育造成的囊肿，比如切牙管囊肿、鼻腭囊肿。是因为先天发育的过程中，有各种上皮组织遗留在上颌骨内，在后期的不良刺激作用下，这些上皮组织产生分泌液，形成囊性病变。这是第一类先天发育性囊肿。
2.各种牙体组织引起的囊肿。比如因为阻生牙引起的含牙囊肿，是因为牙齿在发育过程中，牙囊没有完全退化，牙囊埋伏在颌骨中，在不良刺激作用下，牙囊变成了牙齿周围的囊肿。
3.上颌骨囊肿跟牙齿本身的炎症有一定关系。如果上颌的某颗牙坏了，炎症向根尖外释放炎症因子，刺激骨吸收，形成了局部的肉芽组织或炎症组织，也会表现为上颌骨囊肿的表现。一般称之为上颌根尖囊肿，在临床上也较为多见。
上颌骨囊肿引起的病因，就是以上三种类型，先天发育性、牙齿发育组织造成的，和牙齿的炎症造成的上颌骨囊肿。