霉菌感染可以根治。但是霉菌感染比较顽固，而且容易复发，一定按疗程进行治疗。
霉菌性阴道炎治疗通常是三个月一个疗程，每个月的月经前或月经后一周用药。未婚者用小苏打水清洗外阴，口服氟康唑胶囊进行治疗。已婚妇女用碳酸氢钠溶液冲洗阴道，阴道内放置制霉菌素片，口服特比萘芬片。治疗期间避免同房，如果要同房需要戴避孕套。男方也需要进行分泌物检查，如果男方感染霉菌，确诊后夫妻双方共同治疗。
霉菌性阴道炎治疗期间避免随意服用抗生素，尤其是头孢类的抗生素，否则会加重病情。穿过的内衣裤用开水煮沸，太阳下暴晒，达到杀菌的作用，这样就能够最终根治霉菌。