小儿吉兰巴雷综合征又称为格林巴利综合征，目前病因还不是很明确。大多数患者发病前有巨细胞病毒感染，或者EB病毒感染，或者支原体感染等情况。
但是，有个别的少数病例病因并不是很明确，因为本病它的性质，还不完全的清楚，大多数人认为可能与免疫损伤是有关系的，以患者血清注射于动物神经，也可以产生静脉作为脱髓鞘的病变。
此外，患者神经组织中有C3B以及免疫球蛋白C，主要是IgG或者IgM的存在，这些情况说明它的病因跟免疫是有一定关系的。