体外冲击波碎石对肾脏的损害不大，如果多次使用体外碎石方法，就会对肾脏造成一定的损伤。
在使用冲击波碎石时，不可粗暴的碎石，应当以分次治疗为主，就能够有效的避免肾脏损伤。如果暴力碎石，会使肾脏功能受损，引起血管痉挛或肾脏萎缩。但具体来说，体外冲击波碎石的风险是比较低的，一般对肾脏影响不大。
此外，体外冲击波碎石只适合于小于2厘米的结石，对于较大的结石治疗效果不佳，建议患者使用手术疗法。在结石排出前后，患者都应大量饮水，反复的冲刷尿道，促进碎石的排出。