瘰痢分支杆菌感染可以通过药物治疗，也可以不治疗。
瘰痢分支杆菌感染可以选择全身治疗，比如利福平、乙胺丁醇、卡那霉素、克拉霉素治疗有效，有全身基础性疾病的患者应积极治疗基础性疾病，如糖尿病等，增强身体的抵抗力。瘰痢分支杆菌感染是一种自限性疾病，免疫力正常的人群一般可以自愈。经正规治疗者，一般不会遗留严重并发症。
如果不接受正规治疗，又无法自愈，患者可能会出现全身播散性感染，出现病情迁延不愈，形成脓肿、较深的溃疡，愈合后遗留瘢痕，局部组织由于瘢痕挛缩，表现为畸形和运动障碍。
在日常生活中要进行中强度有氧运动，比如慢跑等，增强身体抵抗力，均衡饮食，注意个人卫生，内衣勤换洗，勤洗手、洗澡等，可以有效减少瘰痢分支杆菌感染。