咽炎并不会影响核酸检测的准确性。核酸检测是一种针对病毒感染引发的特异性疾病的检查方法，这种检查方法主要是通过采集咽喉部位的分泌物，来检测分泌物中是否有此类病毒感染的情况。
而咽炎属于上呼吸道感染性疾病，对于此类比较敏感的检查方法不会造成不良的影响。
因此，对于有必要进行核酸检测的患者，例如怀疑有可能有新型冠状病毒感染等情况的患者，无论是否自身有咽喉炎症存在，都应该尽快遵医嘱，在医院的耳鼻喉科或传染病科进行病毒核酸检测，确定自身是否有病毒感染的情况。