脂肪肝和肝囊肿是两类完全不同的疾病，这两类疾病都可以通过肝脏B超或肝脏CT确诊。
脂肪肝在肝脏B超的表现下是前场回声增强，后场回声衰减，肝内的动静脉走行模糊，是脂肪肝的特点。而肝囊肿是B超下显示为液性暗区，其内没有回声，周边无血流活动。
在临床上，有一类局灶性脂肪肝需要和肝囊肿进一步鉴别诊断。局灶性脂肪肝是脂肪在肝脏局部形成堆积，在B超的显示下和肝囊肿较为相似，此时可以行肝脏增强CT进一步鉴别。