眼结石的治疗分为对症治疗和对因治疗。
1.对症治疗。眼结石的患者经常会有结膜充血或者结膜出血的症状，这是由于结石摩擦导致。患者应该及时使用抗生素滴眼液例如氧氟沙星滴眼液等，防止眼部感染。同时要及时手术治疗取出结石，防止结膜再一次被划伤。
2.对因治疗。眼结石大多由其他疾病继发产生，例如结膜炎、干眼症等。在治疗眼结石的同时，也需要积极治疗原发病。如果患者患有结膜炎，应该及时使用消炎抗感染的眼药水治疗，例如妥布霉素滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等。如果患者患有干眼症，可以选择人工泪液来缓解眼睛干涩的症状，如玻璃酸钠滴眼液。