由于甲状腺囊肿为良性病变，所以体积比较小的囊肿，可以暂时性保守治疗，同时，辅以中医中药等治疗，有部分患者在中药的治疗下，囊肿逐渐缩小，甚至消失。 当然也有部分患者对中药治疗不敏感，这部分患者就需要定期对甲状腺囊肿行超声检查，看囊肿是否增大较快，以排除伴随其他疾病。
如果甲状腺囊肿体积较大，通常来说，直径大于4厘米的囊肿就需要行手术治疗，以免因囊肿太大而压迫气管，从而产生呼吸困难的情况。同时，手术切除也预防了癌变的可能性。