胎儿颈部囊状水瘤在胎儿期一般都不会做特殊的治疗，关键的是要进一步检查。有颈部囊状水瘤的胎儿，常常会存在胎儿染色体问题的可能，所以常规是必须要做羊水穿刺检查的，排除染色体方面的问题。
有一部分胎儿最终确诊是染色体疾病导致的，是需要引产才可以的，因为这些胎儿在出生之后的生存质量是很差的，特别是大多合并智力障碍。只有极小的几率会通过羊膜镜使胎儿在羊膜腔内得到手术治疗。
大多数这样的胎儿如果是染色体是正常的，并且其他所有的检查都是正常的，是可以等到出生之后再做相应的进一步的检查和治疗。不过孕期仍需要继续孕检，了解胎儿发育情况。