生殖系统畸形有尿道下裂、包茎、隐睾。
包茎是男性生殖系统畸形中最常见的疾病，部分患者会造成包皮与阴茎粘连，通常新生儿在2岁以后就会逐渐的恢复正常状态，但是如果是包茎严重，需要通过手术切除包皮，避免引发包皮炎、阴茎白斑等疾病。阴茎畸形还包括无阴茎、尿道下裂，是因为生殖发育不全所造成，此类病变可能还会合并有泌尿系统其它部位、肛门等部位的病变，通常有这种畸形的患者需要手术治疗。
尿道下裂患者需要进行尿道成形术，往往需要2~3次手术才能够治愈。