咽部狼疮的治疗，主要是通过局部治疗和全身性的治疗两种方法来处理。对于局部有较为典型的结核感染性溃疡的患者，可以选用链霉素、乳酸，或硝酸银等药物进行涂抹，或者是漱口，局部药物的使用可以有效地促进溃疡的愈合。
对于身体整体的结核菌感染，则应当选用利福平、异烟肼、氨基水杨酸钠等抗结核类型的药物来进行治疗。
需要注意的是，咽部狼疮在治疗的过程中，要定期对疾病的感染情况进行复查，根据结核菌感染的情况调整药物的使用。