如果癌症病人在治疗之后出现癌胚抗原下降，说明抗癌的治疗是有效的。
比如肺腺癌的病人在治疗之前，癌胚抗原可以明显升高。而在接受了手术、放疗、化疗或者靶向治疗之后，如果肺癌的病灶被去除了或者是明显缩小，癌胚抗原就可以逐渐下降到正常水平。所以，在临床上会根据治疗前后癌胚抗原水平的变化，判断抗癌治疗的疗效。
而一些良性疾病，比如胰腺炎等，也可以导致癌胚抗原升高。而在经过了禁食、禁水、奥曲肽等抗炎治疗之后，癌胚抗原是可以下降到正常水平的。癌胚抗原在良性疾病中数值的下降，同样也可以反映抗炎治疗是有效的。