引起宝宝出现绿色便便的原因包括生理性以及病理性两种主要因素，比如说由于长期服用某种药物，或者宝宝受到自身生活环境，以及饮食方面等因素的影响而引起出现的绿色便便。
被金黄色葡萄球菌等菌种直接侵入肠道，从而使肠道黏膜受到损伤的患儿，或者是长期应用抗生素进而导致身体内肠道菌群失调的患儿，通常会出现黄绿色便便或者呈现暗绿色的水便。
另外，当外界气温出现骤然降低或者夏季空调温度过低，而使患儿着凉进而引发自身肠胃道出现功能紊乱现象，从而引起的消化不良症状也有可能导致患儿出现排便颜色呈现绿色的不良症状。