不适合做羊水穿刺的人群比较多，比如处于发烧期的孕妇，是不可以做羊水穿刺的。或者胎儿最近处于缺氧状态，也不可以做羊水穿刺。
而临床上所见，大多会出现早产和不规律的宫缩情况，导致的羊水穿刺不能进行。因为羊水穿刺是一种有创性的检查，只有当做无创DNA和一些其他的排畸检查，不能明确胎儿是否具有一些畸形的时候，才会选择羊水穿刺。
明确有胎儿先天畸形，有些是需要尽早终止妊娠的。如先天愚型儿的出生，无凝是会给家庭带来灭顶性的灾难，所以对于先天愚型的胎儿，一经确诊，需要尽早终止妊娠。