核磁共振检查对人体几乎没有什么危害，虽然核磁共振会出现核磁，看起来有辐射，其实这种检查的辐射几乎是零，但是妊娠期妇女、备孕期女性不建议做此检查。
检查的过程中部分患者会感觉不适，这种不适感不会造成身体上的创伤和疼痛，患者的不适主要来源于两个方面：
第一，是磁共振检查舱比较狭小，对人有一种压迫的感觉。
第二，是因为检查时，机器会发出一些刺耳的噪音，让人感觉不舒服，核磁共振检查对一些疾病诊断具有非常重要的意义，例如脑血管病、脊柱脊髓疾病等。