小儿支原体肺炎只有极少部分是可以自愈的。这种情况见于身体条件良好，感染的支原体症状非常轻微、时间短，再加上自身的良好体质、精心的护理和预防措施，只有做好这些才有可能自愈。
而大多数情况下，都是感染比较严重时才诊断明确的。这种情况下就需要应用相应的药物，一般特效的药物是大环内酯类药物，包括阿奇霉素、红霉素。可以采取口服或者输液的方式，进行系统的治疗。
这种疾病的治疗时间相对比较长，一般在7~10天左右，好转以后很多孩子还容易反复地出现支原体的再次感染。