脊索瘤的药物治疗效果不佳，由于脊索瘤的特殊性，所以对放化疗均不太敏感，因此普通化疗药物效果不佳。
研究显示有部分分子靶向药物可能有效，但是化疗后容易出现耐药现象，所以目前脊索瘤无特效药物，仅能对症治疗，尽可能手术治疗。
但是脊索瘤属于恶性肿瘤，患者大部分身体状况不佳，常见营养不良、贫血、低蛋白血症，所以，对症治疗需要跟上，尽可能到三甲医院，选择合适的治疗方案。必要时，可结合中医康复治疗，增强患者存活几率。