小孩肚脐眼疼痛有两个原因，一是肚脐眼本身的炎症引起的疼痛，另外就是腹腔的脏器引起的疼痛。
由于孩子腹痛的定位不准确，大部分都会出现脐周痛的情况。小孩肚脐发炎会因为红、肿、热、痛而引发肚脐眼的疼痛，因此要给予及时的处理和治疗。还有就是腹腔的脏器出现的一些疾病和炎症，会由于小孩常常对腹痛定位不准确，所导致表现为肚脐眼的疼痛，像肠系膜的淋巴结炎，大多数是由病毒感染引起的呼吸道疾病而出现肠系膜淋巴结炎，表现的是脐周、肚脐眼的疼痛；还有急性的阑尾炎，初始是在脐周、肚脐眼的疼痛，然后出现转移性的右下腹疼痛；有一些是腹部受凉、消化不良都会出现肚脐眼的疼痛，这是由于小孩腹痛的感觉异常或者是定位不准确所造成的。
因此，小孩肚脐眼疼痛需要及时地去医院就诊。