患者出现了上颌窦囊肿的情况时，如果没有特殊的不适症状，一般并不需要特殊的用药治疗。如果患者上颌窦囊肿体积相对比较小，多数情况下都不会有明显的症状，少部分患者可能会间断性地突发鼻腔内流出黄色水样分泌物的情况，常常会逐步自行好转。
也有部分患者可能会出现上颌窦囊肿继发感染的情况，导致局部肿痛症状的发生，鼻道内也会流出黄色脓性的分泌物。这种情况下就需要吃一些抗生素类的药物治疗，常用青霉素类或者头孢菌素类抗生素，也可以酌情使用一些喹诺酮类的抗生素。
部分患者如果炎症感染反复发作，或者上颌窦囊肿体积过大压迫周围骨壁，也可能需要进一步的手术治疗。