鹅口疮的危害主要表现为造成患儿唇部或口腔内部不适感，对进食造成影响。严重者可能会扩散到食管或支气管，诱发念珠菌性食管炎，导致呼吸和吞咽困难。
患儿可能会因为疼痛而抗拒吃奶，导致食量减少，影响生长发育。如果鹅口疮发生扩散，可能会使食管遭受牵连，产生吞咽不适症状，甚至会因为害怕疼痛拒绝喝水，而产生脱水现象。
还有可能引起真菌性肠炎，如果不能得到及时治疗，还可能会引起全身性的念珠菌感染，诱发弥漫性感染。所以针对鹅口疮应重视起来，及早进行治疗，避免病情加重。