会厌囊肿一般有以下危害：
第一，会厌囊肿比较小的情况下，危害一般比较轻。主要表现为咽堵、咽部异物感。如果合并感染会引起急性会厌炎，表现为咽痛、吞咽困难、呼吸困难、会厌肿胀、抬举差。
第二，会厌囊肿比较大或者是多发。容易引起比较明显的咽部不适、憋气、咽部堵闷感，容易并发咽喉部的感染，引起急性会厌炎。
巨大囊肿容易压迫会厌软骨，造成会厌软骨的吸收、缺损。也容易堵塞食道入口，造成病人的吞咽困难，甚至堵塞喉口，引起病人呼吸困难，甚至窒息。常规给予支撑喉镜下显微手术，局部切除囊肿组织，术后给予抗炎、雾化治疗，一般一周左右，喉部黏膜恢复。