肾脏疾病形成的原因有很多，大体上可以分为先天性和后天性两种。
很多患者有先天性肾脏疾病，比如常见的融合肾等，有些融合肾的患者不需要治疗，就可以自愈，而有些需要通过药物以及手术治疗来缓解症状。大部分肾脏疾病都是由后天性原因所导致的，包括外伤，各种外伤导致的肾包膜下血肿、肾破裂、肾蒂损伤等。
除此之外，一些基础疾病，例如糖尿病、高血压、高脂血症等引起肾小球病变，也可能会出现肾脏疾病，还有一些是由免疫因素介导的肾小球基底膜病变。肾脏疾病还有可能是药物、过敏、感染等因素所导致。