急性骨髓炎如果不及时治疗或者治疗方式不恰当，可能会引起出现一些并发症，首先是化脓性关节炎，由于骨髓炎好发于长骨干骺端，如果治疗不及时不彻底可能导致感染，破处关节腔导致化脓性关节炎。
急性骨髓炎如果未能及时有效的治疗或者细菌毒力强，可以并发败血症和脓毒血症，严重的可以危及患者生命。急性骨髓炎的时候肢体生长长度受影响，患肢变短;或因骨骺附近炎症，血液供给丰富，使骨骺生长较快，患肢反而稍长，有时亦因骨骺部分受累，形成畸形生长，如膝内翻或外翻等，急性骨髓炎还能引起病理性骨折。