指甲有凹陷的原因主要如下：
1.甲营养不良。存在甲营养不良，就容易导致指甲有凹陷，还有可能会引起指甲上有横纹、竖纹以及斜纹的表现。甲营养不良往往是缺乏微量元素，所以需要针对性进行微量元素的补充，可以注意补充钙、铁、锌，平时还需要注意饮食营养和药物营养的合理支持。
2.甲癣疾病。存在甲癣疾病，主要是指甲部位受到了真菌感染，与不良的清洁习惯有关，需要在平时注意清洁卫生，勤清洗指甲部位。还需要注意有选择性多吃一些高维生素、高蛋白质的食物，能够促进体质增强。需要避免甲癣疾病发展成灰指甲疾病，症状会更加严重。
3.外伤。外伤一般是指压砸挤压，导致指甲上出现凹陷的表现。