胃息肉的发病原因目前并不十分清楚，没有十分确切的临床诊断依据来说明到底如何起源。目前已知的是生长于胃黏膜的上皮细胞并突入胃内形成隆起。
部分学者认为胃息肉的形成和基因突变有一定的关系，而饮食因素、免疫因素、疾病因素等都可能会影响到胃息肉的形成。
比如长期吃辛辣刺激性的食物，会刺激到胃黏膜。如果反复出现慢性胃炎，炎症细胞也可以刺激到胃黏膜，这几种情况下都有可能会引起胃息肉的发生。