眼睛出现结膜炎时，首先要明确具体的病因，再针对病因进行处理。
如果是细菌性结膜炎，在早期需要局部频繁使用抗菌眼药水，比如可乐必妥、托百士等，待症状缓解之后可以减少眼药水的用量。此外，结膜囊出现大量的脓性分泌物时，需要使用生理盐水进行冲洗，以保持眼部的卫生。如果是病毒性结膜炎，则需要对症使用抗病毒的眼膏，比如更昔洛韦、阿昔洛韦等。
此外，全身有病毒感染者还需要口服抗病毒的药物。如果是过敏性结膜炎，则需要进行抗过敏治疗，同时避免接触过敏源。