虽然藿香正气水在药物使用说明书中，并没有规定是否空腹或者要饭后服用，但是临床使用本药物，一般不建议患者空腹喝。
主要是由于藿香正气水的组方成分中，含有较多的酒精成分，而有中暑症状或者风寒感冒症状的患者，此时的胃肠功能往往也较差，若是饭前空腹服用藿香正气水，就容易因对胃肠道产生刺激而引起一些不良反应。
饭后服用能够避免这类情况出现，尤其是本身就有一些慢性胃炎或者浅表性胃炎、胃溃疡等这类情况的患者，在服用本药物时候，应该饭后服用为好。