从目前医疗发展的水平，试管婴儿的技术还是比较安全的。但是对女性的损伤也是有的，做试管婴儿需要取多个卵子，人为的使用一些促排卵的药物，这样就会打乱女性的生理周期，一个生理周期要成熟10~20个卵子，容易造成女性的内分泌失调、月经失调，还有可能加速卵巢的衰老，给卵巢造成一定程度的损害。
另外，试管婴儿发生双胎的概率是比较高的，可以高达30%。双胎妊娠会容易导致流产或者早产问题的发生，而且试管婴儿还涉及到一个取卵的过程，在取卵的过程中就容易出现出血、感染、脏器的损伤等等。