口腔疱疹主要是由疱疹病毒感染引起的，主要包括单纯疱疹病毒、柯萨奇病毒A4和A16等。
单纯疱疹病毒引起疱疹性口炎，在口腔黏膜各处会出现成簇的小水疱，针头大小，疱壁薄且透明，容易破溃形成溃疡。
柯萨奇病毒A4引起的口腔疱疹，只分布在咽后壁的黏膜表面，牙龈不受侵犯，一般1周左右痊愈。柯萨奇病毒A16在口腔黏膜处出现很多小水疱，破溃速度很快，形成浅表溃疡，约5到10天后愈合。口腔疱疹具有传染性，要进行接触隔离。