CT能够查出绝大多数早期肺癌，但还有一些早期的肺癌难以通过CT发现。
CT只能查出早期肺癌在影像学上表现的占位性病变或者肺结节，但是对于早期肺癌的具体病理类型并不能确定。因此它只是发现了病变，但是并不能做出早期肺癌的临床诊断。
对于一些肺的原位癌或者肿瘤病灶小，目前的CT影像学检查是有一定局限性的，可能会导致漏诊。CT对于肺部的小结节病变不能明确性质，因此也就无法判断这些肺部的小结节是早期肺癌，还是其他非肺癌的一些疾病的影像学表现，所以需要定期密切随访。