枯草杆菌二联活菌颗粒其主要功效为调节人体肠道环境。药物中含有效活菌成分为，枯草芽孢杆菌，还有屎肠球菌，可有效保护肠道，对肠道正常菌群的繁殖有保护作用，能抑制肠道的一些致病菌的繁殖生长。
这个药物中还含有多种维生素成分，比如维生素B1、B2、B12、B6、维生素C，以及烟酰胺等。
因此，在临床上枯草杆菌二联活菌颗粒，可用于治疗儿童消化不良，还有食欲不振、营养不良，对于肠道菌群紊乱所导致的腹胀、便秘、腹泻等不良症状，有较好的改善和治疗作用。