肾囊肿的检出率比较高。近年来随着体检普及，以及影像学检查水平的不断提高，肾囊肿的检出率逐渐增高。
肾囊肿诊断主要依靠影像学检查，一般肾脏B超或者彩超就可以，相对CT检查，B超或者彩超的特点是经济、方便、安全。但是临床上对于一部分不典型的肾囊肿，还是要通过泌尿系CT检查，甚至是增强CT来确诊。如果囊肿体积较大，还可以通过尿常规以及肾功能等检查综合判断，了解囊肿是否对肾脏明显造成压迫。
小囊肿一般无需处理，定期复查彩超即可，体积大的囊肿，必要时可以考虑手术治疗。