在临床上有部分肛门闭锁的患儿，可以合并其他器官的畸形，而且常为多发畸形。临床常见的合并畸形有先天性心脏病、泌尿生殖系统畸形、消化管其他部位畸形以及骶骨和脊柱畸形等，并伴有相应的临床表现。
如果单纯先天性肛门闭锁这种疾病所导致的相应临床症状而并发的症状主要包括有：因为该变最主要表现为肠梗阻，所以患者会呕吐，从而会引起水、电解质紊乱。如果症状得不到及时治疗，还会导致患者因为腹胀继续加重，引起肠坏死、肠穿孔、腹膜炎等并发症。如果患者呕吐频繁，还有可能会并发肺炎而导致窒息。