肛门畸形主要通过外科手术的方法进行治疗，一般是进行造瘘的手术或者是进行肛门的成形手术。
肛门畸形一般属于先天性的疾病，主要包括肛门异位症或者是先天性肛门闭锁等。肛门畸形主要就是通过肛门局部的检查以及患者的症状进行诊断，另外还可以辅助X线以及腹部立位平片等方式进行检查，或者是进行肛门直肠测压等方式进行检查。
在诊断明确之后一般是需要通过手术进行治疗，如果是一些高位的肛门闭锁可以先行造瘘的手术，在患儿成长之后，一般是6~10个月以后再进行肛门的成形手术。