肛周水肿可以通过应用抗生素，局部涂抹药膏，结合中药坐浴消除。引起肛周水肿的原因比较多，如果是肛裂引起的发炎水肿，可以用高锰酸钾坐浴，裂口患处可以涂抹莫匹罗星软膏，可消炎、消肿。
如果是痔疮引起的肛周水肿，可以用清热解毒、消炎、消肿的中药坐浴，肛外可以涂抹痔疮膏，肛内可塞痔疮栓，促进肛周水肿消除。如果是肛周脓肿引起，则需要用抗生素抗感染治疗，比如左氧氟沙星、阿莫西林等。然后局部可以涂抹消炎的抗生素软膏，促进肛周水肿逐渐消除。
如果是因为肛周局部的血液受阻引起的水肿，可以通过用中药外洗并做提肛运动，改善肛周的血液循环，消除水肿。