扁桃体肥大在临床上会引起明显的咽喉部疼痛。扁桃体肥大比较明显时还会产生异物感、吞咽困难，有时还会出现刺激性的咳嗽。如果是急性期的扁桃体肥大，患者还会出现发热症状。
对于扁桃体肥大临床上主要是使用抗炎消肿治疗，比较常用的是抗生素类药物，例如头孢或青霉素类抗生素，也可配合局部用药。当炎症消退之后，扁桃体肥大会有所减轻。
但如果是比较严重的扁桃体肥大，会影响到睡眠质量，而且有些扁桃体肥大会反复发作，需要做手术治疗。