小儿先天性甲状腺功能减低症是否会影响生育功能，取决于能否早期发现和早期治疗、药量是否恰当。
如果是生后就能被诊断和规范持续治疗，则不会影响到成年后生育功能。如果诊断治疗不及时或治疗不规范，不能做到按医嘱复诊、复查，就有可能影响生育功能，同时，还可能影响智能等。
因甲状腺素是促进人体代谢的激素，缺乏时人体的生理机能和新陈代谢均会降低，因此，会导致性欲减退以及性功能障碍，男性患者还会出现睾丸缩小以及阳痿等症状。如果出现睾丸缩小的情况，对精子的质量就会造成影响，不排除会造成少精、弱精、无精、精子活动力差等情况，这样对怀孕就会造成一定的影响，严重时会导致不孕不育。