发生移植物抗宿主病的时候，病人有可能根据累及器官的不同，出现很多的并发症。
最常见到的并发症是皮肤的损害，可以出现皮肤的红斑、丘疹、水疱，甚至是皮肤的剥脱，还有可能会出现色素沉着、脱屑、增厚、角化不良等。晚期的时候，有可能会出现皮肤硬化或者关节挛缩；病人还有可能会出现肝脏的并发症，可以有肝区的不适、脾大、黄疸等，可以有肝功能的异常。
另外，口腔粘膜有可能会发生累及，有可能会出现溃疡或者是片状的剥脱，晚期的时候，还有可能会出现口腔的干燥。另外，发生移植物抗宿主病的时候，病人有可能会出现一些胃肠道损害的并发症，比如可以出现恶心、呕吐、腹泻。