一般情况下，排便时肛隐窝呈闭合状态，粪便不能进入。腹泻时，稀便容易进入并积存，约半数的肛隐窝内存在肛腺。肛腺的数目正常人有六到十个，一个肛隐窝内有时只有一个肛腺开口，有时有多个肛腺开口。肛腺的分布有一定特点，多数集中在肛管的后位，截石位六点附近。
肛隐窝内容易积存感染物质，炎症刺激使肛腺开口扩张、松弛，失去收缩力，外界病菌即可乘虚而入进入肛腺管，引起肛腺炎。肛腺感染可沿着导管蔓延形成肛门直肠周围炎，继而形成肛周脓肿，最后形成肛瘘。