真菌性龟头炎和细菌性龟头炎一般通过临床表现，以及相关的辅助检查来区分。
真菌性龟头炎主要表现为龟头表面有红斑，一般红斑的界限比较清楚，而且龟头表面还可出现丘疹，在龟头的冠状沟处还会有白色的奶酪样斑片。其确诊可以取龟头局部组织做镜检，如果发现有真菌菌丝或者大量的芽生孢子则可以确诊。
细菌性龟头炎主要表现为龟头表面有红斑，而且会出现龟头肿胀、瘙痒、疼痛，部分还可出现糜烂、渗出。如果龟头局部有化脓则可以取脓液做培养，从而确诊。