囊性肾病不是单一疾病包括多种疾病，比如多囊肾病、单纯性肾囊肿、肾髓质的囊性病变。所以，囊性肾病的临床症状是因疾病不同，而具体的临床症状并不相同。
通常多囊肾病的临床症状非常多，可以出现急性的腰痛，会出现肉眼血尿及镜下血尿，还会出现尿频、尿急、尿痛；随着病情的进展，还会出现血压升高、头晕头痛、水肿、以及肾功能下降。
而单纯性肾囊肿通常没有明显的症状，对于较大的肾囊肿可能会导致患者出现腰部酸胀不适，如果囊肿破裂会出现肉眼血尿。而肾髓质的囊性病变主要是表现尿量增多、夜尿明显、有口渴、嗜睡、容易出现贫血、全身乏力、四肢水肿、蛋白尿等。