上厕所的时候肛门出血的原因，首先就是生活作息时间不规律，比如患者由于疲劳熬夜身体抵抗力下降，肛管直肠部分的毛细血管脆性变强，在粪便摩擦刺激下或者下蹲用力过程当中就会有出血的发生。大便过于干燥，粪便形状过粗也会导致局部的毛细血管受到摩擦而发生破裂出血。
另外，一些病理性的因素，比如存在内痔的情况，或者是有肛裂的存在，或者是肠道内有息肉，甚至是肿瘤等增生性质的疾病，都可以在上厕所的时候发生肛门出血。
也得排除是否由于一些炎症性的肠病所引起，或者是由上消化道出血导致的排便时肛门的出血。