发生支原体尿道感染时，治疗的关键是需要积极给予抗感染治疗，应该选择大环内酯类的抗生素进行治疗，因为对其他类抗生素敏感性较差。除了选择敏感的抗生素积极抗感染治疗以外，其他的辅助治疗措施与其他致病菌引起的尿道感染相似。
首先，需要增加每日饮水量，最好选用白开水，增加排尿量将尿道中的部分支原体随着尿液排出体外，促进疾病康复。
其次，在治疗期间需要适量增加运动量以增强体质，并在饮食上避免进食辛辣、刺激的食物，以免加重临床症状。再有，在治疗期间需要禁止进行性生活，避免感染性伴侣而发生泌尿生殖系统的支原体感染。