当溃疡穿透胃，十二指肠壁时，可发生穿孔，大部分的穿孔与服用非甾体类抗炎药有关，多数是老年病人，穿孔前可以没有症状，穿孔临床常有三种后果，破入腹腔，引起弥漫性腹膜炎，表现为突发剧烈腹痛，持续而加剧，先出现于上腹部然后延及全腹，有腹肌紧张，腹壁层板样僵直，压痛，反跳痛明显，部分病人出现休克。
穿透到周围的实质性脏器如肝，脾，胰等，一般见于慢性病史，出现腹痛规律的改变，变为顽固或持续性。
穿破入空腔脏器，形成瘘管，可通过内镜，钡剂或CT等检查发现。
幽门梗阻临床上表现有上腹胀痛，餐后加重，呕吐后腹痛可减轻，呕吐物可为隔夜食物，严重呕吐可致脱水，体重下降，营养不良等。反复发作，病程持续时间长的胃溃疡可出现癌变。