脑血栓恢复期需要积极的服用药物预防再发脑血栓，有研究发现，脑血栓发病后再发脑血栓的几率要比正常人高很多，所以既往有脑血栓病史的患者，应口服药物二级预防。脑血栓发病后常用的药物主要有以下几种：
第一，抗血小板聚集的药，例如阿司匹林肠溶片、氢氯吡格雷等。
第二，抗凝药物，例如华法林、利伐沙班等，抗凝药物主要用于有心房纤颤或心瓣膜病的患者。
第三，调脂或稳定斑块的药物，最常用的为他汀类药物，包括瑞舒伐他汀、阿托伐他汀等。
第四，基础病的治疗，主要是口服药物调整血脂、血糖、血压。