对于妊娠合并尿石症患者鉴别诊断主要是同普通妇女的腹部疾病相鉴别，主要有三类：一阑尾炎，二胆囊炎，三胰腺炎。
因为上述炎症病变都会与输尿管结石、肾结石引起的肾绞痛有类似的疼痛症状，阑尾炎好发于右下腹部疼痛，那么输尿管结石下段也会位于那地方有疼痛的感觉，因此需要进行鉴别，而胆结石胆囊炎好发于右上腹部疼痛，那么对于上段输尿管结石也会在那里产生疼痛的感觉。同时胰腺炎主要是患者会有全腹疼痛，抽血会检查发现血尿淀粉酶升高以及脂肪酶升高，对于输尿管结石以及肾结石、肾绞痛都会有腹部疼痛的症状和表现，因此可以进行泌尿系彩超以及腹部彩超，有助于鉴别诊断。