孕妇甲亢是否会流产取决于疾病的控制程度。如果不控制甲亢的进展则流产几率很高，但如果积极控制病情则可明显降低流产几率。
甲亢长期得不到控制可显著增加妊娠不良结局的风险，包括流产、早产、胎儿畸形及胎死宫内等，因此早期发现、早期诊治是十分必要的。孕期甲亢的治疗一般首选药物，放射性碘-131的射线可能会对胎儿的健康生长有较大影响。
手术则一般在药物控制欠佳的情况下才考虑选用。此外，需要注意的是在采用药物治疗时首选丙硫氧嘧啶且药物剂量不宜过大，否则也易产生不良妊娠结局。